Богоявленская церковь расположена на территории древней Гончарной слободы, вошедшей в черту города в 80-х годах XVII в.

Прежде здесь находилось село Бобышево с деревянной церковью Зачатия Анны. Каменная церковь с отдельно стоящей колокольней была сооружена в 1680-1689 годах. Главный её престол, первоначально, был освящен во имя Образа Спаса Нерукотворного, однако уже в конце XVII в.  церковь стала называться Богоявленской, «что на посаде в Бобышевой или Гончарной слободе». До начала XIX в. рядом с ней существовала вторая, вероятно, теплая, деревянная церковь Введения, время сооружения которой неизвестно. В 1800 году прихожанами было написано прошение о дозволении построить при церкви два придела во имя Введения во храм и св. священномученика Харалампия, которые предполагалось разместить в трапезной, а «состоящую в самой близости с трапезной каменную колокольню по разобрании до основания построить же в большем пространстве и в лучшем благолепии». Сооружение новой трапезной и колокольни было завершено в 1803 году, а освящение приделов состоялось в 1804 г. В документах сохранилось имя одного из ктиторов – купца Герасима Ивановича Свиридова, на средства которого был оборудован придел Харлампия. При перестройке здания в начале XIX в. значительным изменениям подверглись фасады храма и апсиды, практически полностью утратившие элементы своего первоначального декора. Все окна в храме и апсиде были расширены, венчающие карнизы переложены, на боковых фасадах храма возведены два новых крыльца. В конце XIX – начале ХХ веков стены здания были покрыты цементной штукатуркой.

Существующий в храме иконостас относится ко второй половине XVIII века, иконостасы трапезной – середины XIX столетия. Настенная живопись в храме и трапезной выполнена в конце XIX века (1897 г.) и впоследствии неоднократно поновлялась. Деревянные хоры на западной стене храма были устроены в начале ХХ века. В ХХ веке в северном крыльце храма установлена лестница, ведущая на хоры. Над крыльцом надстроен деревянный тамбур, завершенный небольшой главкой. С северной стороны храма возведена небольшая деревянная пристройка, с северной стороны колокольни-кирпичная пристройка.

Богоявленская церковь расположена на территории старого кладбища, на восточной окраине города. Судя по плану города, составленному М.Ф.Казаковым до перепланировки Коломны во второй половине  XVIII  века, церковь замыкала перспективу центральной улицы древнего посада, начинавшейся от Пятницких ворот кремля. Объемно-пространственное решение храма и апсиды характерно для русского зодчества второй половины  XVII в. Архитектурно-декоративная обработка фасадов здания выполнена в стиле зрелого классицизма в начале XIX века.